Biocombustíveis a partir de algasO combustível feito de algas também é conhecido como a terceira geração de biocombustíveis, e alguns especialistas acreditam que a energia do combustível produzida com as algas é o biocombustível do futuro que irá diminuir significativamente a necessidade de uso de combustíveis fósseis e, com isso, vai ajudar a reduzir a quantidade total de gases causadores de efeito. Embora não haja dúvida de que a produção de biocombustíveis a partir de algas certamente tem potencial para produzir energia limpa para o meio ambiente, ainda existem algumas desvantagens para as quais a ciência sente uma séria necessidade de encontrar soluções antes de a indústria do combustível à base de algas tornar-se viável comercialmente.

A produção de biomassa de algas tem muitas vantagens, como o alto teor energético. Alguns estudos têm demonstrado que as algas podem produzir mais de 30 vezes mais energia por unidade de área do que outros meios. As algas são capazes de produzir 100 vezes mais óleo por acre do que a soja. As algas também são caracterizadas pelo crescimento rápido, e tudo o que elas precisam para crescer são elementos como água, luz solar e dióxido de carbono (CO2). Entre outras vantagens estão o fato de que as algas não afetam os recursos de água doce, podem ser produzidas nos oceanos e nas águas residuais, são biodegradáveis, e na produção de biomassa as algas não apresentam quase nenhum impacto ambiental negativo.

Outra grande vantagem das algas como matéria-prima para fabricação de combustível e geração de energia é o consumo em massa de dióxido de carbono que a sua produção proporciona. O dióxido de carbono é o principal gás de efeito estufa responsável pelo problema das alterações climáticas e que é liberado na atmosfera pela queima de combustíveis fósseis. Alguns estudos mais recentes têm mostrado que a produção de cada litro de óleo de algas consome 13-14 kg de dióxido de carbono. E ao contrário dos biocombustíveis de primeira geração (produção de alimentos) não têm efeito negativo sobre a oferta mundial de alimentos e nem sobre os preços dos alimentos, pois não influenciam no cultivo dos alimentos.

A principal desvantagem da produção de biomassa ou biocombustível com algas é que a produção ainda é muito onerosa para ser comercialmente viável, e o custo de várias espécies de algas geralmente varia entre US $ 50-10 por quilograma. A indústria ainda está testando uma variedade de métodos para o crescimento de algas; atualmente o mais popular são os sistemas em lagoa aberta, que, em 2008, representaram 98% da produção de biomassa de algas comercial. Estes sistemas são relativamente baratos em comparação com alguns outros métodos para o crescimento de algas (como os biorreatores), contudo eles oferecem algumas falhas graves, como a possibilidade de contaminação por espécies de algas nativas, evaporação e infecção viral.

Embora seja mais do que óbvio que as algas têm um grande potencial para a produção de biomassa ainda é muito pouco provável que a produção comercial significativa ocorrerá na próxima década. Isto ocorre principalmente porque os custos de exploração tornam a produção de óleo de algas demasiadamente cara. Financiamentos pra os projetos e mais pesquisas são essenciais para transformar esse potencial produto em um produto comercialmente viável.